お馴染み「司令室ステージ」や「学校ステージ」に加え、新たに「ミサトカーステージ」「研究施設ステージ」「すいか畑ステージ」の3ステージを追加。中でも「すいか畑ステージ」は移行しただけでボーナスの期待が持てるチャンスステージとなっているぞ!
ボーナスの期待大となる「シンジチャンス」や「アスカチャンス」などのチャンスステージに、新しく「マリチャンス」が追加! また、「ミッションモード」は今作でも健在。移行したゲームではレア小役成立の可能性が高く、ミッション達成でボーナス確定!
本機のボーナスはスーパーBIG(同色7揃い)、ノーマルBIG(レイ白7・白7・白7)、REG(紫7・紫7・赤7)の3種類が存在。スーパーBIGなら最大402枚、ノーマルBIGなら最大259枚、REGなら最大52枚獲得可能だ。
ビーストモードはREG後に必ず突入するRT。100G継続すれば、次回ボーナスまで継続の「覚醒モード」に昇格する。滞在中は第10使徒に攻撃を仕掛ければ、ボーナスのチャンスor転落のピンチとなり、2号機が第10使徒を殲滅できればボーナス濃厚。攻撃が失敗した場合は使徒逃走でモード継続、活動限界を迎える(特殊リプレイが入賞する)と、通常へ転落となっている。